Printemps 1994. Kigali, capitale du Rwanda, au coeur de l'Afrique. Partagé entre l'espoir et la désillusion et au coeur des tensions raciales croissantes entre Tutsis et Hutus, Bernard Valcourt tourne un documentaire sur le sida. À l'Hôtel Ses Milles Collines, quartier général des expatriés occidentaux, Valcourt tombe amoureux fou de Gentille, une jeune serveuse rwandaise, aussi belle que farouche. L'attirance est réciproque mais les premiers pas sont hésitants. Ils sont différents: elle, si jeune, lui, si «blanc»...
Malgré tout ce qui les sépare, Gentille et Valcourt s'abandonnent à l'amour et se marient.
Mais lorsque le génocide éclate dans une flambée de haine collective, ils sont brutalement séparés. Gentille disparaît et Valcourt est obligé de fuir ce pays à feu et à sang. Quelques mois plus tard, alors que près d'un million de Rwandais ont été massacrés, Valcourt revient à Kigali et recherche désespérément la femme qu'il aime. Au terme de cette quête acharnée, retrouvera-t-il Gentille?
Et s'ils sont réunis, leur amour survivra-t-il aux blessures d'une guerre fratricide? Entre la beauté d'une histoire d'amour et l'horreur du génocide rwandais, Un dimanche à Kigali dépeint, avec lucidité et compassion, une humanité capable du meilleur comme du pire.